Mikrobiom

Každý člověk má v sobě miliardy mikrobiálních buněk. Jde převážně o specializované symbiotické mikroorganismy. Zdravá mikrobiální společenstva poskytují svým hostitelům řadu výhod.

Lidský mikrobiom

Předpokládá se, že každý člověk má v sobě a na sobě 10-100 miliard symbiotických mikrobiálních buněk. Zdravá mikrobiota se podílí na lidských metabolických a imunitních funkcích. Mikroorganismy specializované na život ve specifických podmínkách lidského těla se v průběhu evoluce vyvíjely a vyvíjí společně s lidmi. Hypotéza starých přátel udává ztrátu přirozeného kontaktu s některými střevními symbionty jako příčinu nárůstu autoimunitních chorob ve vyspělých zemích. Člověka a všechny jeho mikroorganismy lze považovat za superorganismus. Narušení rovnováhy mikrobiálních společenstev může vést k přemnožení potencionálně patogenních organismů nebo usnadnit kolonizaci těla patogeny a parazity.

Původní metody studia mikrobiálních společenstev byly závislé na pěstování mikroorganismů v laboratorních podmínkách na speciálních živných médiích. Podmínky na médiích nevyhovují některým mikroorganismům a jiným naopak vyhovují až příliš, takže přerůstají. Proto se klasickými metodami podařilo zjistit jen zlomek mikrobiálních společenstev. Nové molekulární metody umožňují získání genetické informace celého společenstva mikroorganismů z jednoho vzorku. Soubor všech genetických dat ze vzorku je označován jako mikrobiom. Někdy je termín mikrobiom používán úžeji jen pro popis bakteriálních společenstev. Nové metody umožnily studium celé řady mikroorganismů, které nelze v laboratorních podmínkách pěstovat. Pomocí analýz lze jednotlivé genetické fragmenty přidělit jednotlivým liniím mikroorganismů a ty určit pomocí stále se rozrůstajících databází mikrobiálních genomů. Vedle databází s genetickými informacemi se také rozrůstají i databáze s funkčními vlastnostmi genů. Podle použité metody lze buď zjišťovat velké množství genů a přiřazovat jim funkce nebo použít univerzální genetické markery pro určení druhů a funkční vlastnosti potom dohledat v databázích. Univerzální genetické markery využívají úseky DNA, kde jsou v těsné blízkosti konzervativní úseky, které se nemění a jsou sdílené velkými skupinami mikroorganismů, a variabilní úseky, které jsou naopak vysoce specifické pro jednotlivé linie. Složení společenstva a početnosti jednotlivých skupin mikroorganismů lze použít při studiích vody z čističky odpadních vod stejně jako například pro analýzu výtěru z krku. V medicíně se například určují mikrobiální společenstva u zdravých pacientů a to jak se liší u různých nemocí a poruch.

 

Střevní mikrobiom

Nejbohatší a nejprostudovanější mikrobiální společenstvo lidského těla je mikrobiota stolice. Mikrobiální společenstva stolice odráží svým složením nejlépe složení mikrobiálních společenstev v tlustém střevě. V menší míře jsou součástí tohoto společenstva i mikroorganismy z dalších částí trávicí soustavy. Studium stolice tak poskytuje dobrou představu o tom co se děje ve střevech. Střevní mikrobiom má dohromady 20x více genů než kolik má člověk. Vysoký počet mikrobiálních genů zvyšuje mezilidskou genetickou variabilitu. Ve stolici jednoho člověka je v průměru 160 druhů bakterií a 40 druhů houbových organismů.

Bakterie jsou nejpočetnější a nejprostudovanější skupinou střevní mikroflóry. Kromě bakterií se v poslední době věnuje výzkum i dalším skupinám mikroorganismů jako jsou archea, kvasinky a další mikroeukaryotní prvoci nebo viry. Z virů jsou ve střevním společenstvu významné zejména bakteriofágy, viry které napadají bakterie. Významnou skupinu tvoří houbové organismy. V genetických analýzách představují jen 0,1% mikrobiomu, ale houbové buňky jsou až 100x větší než bakteriální buňky a tvoří výraznou část mikroflóry.

Již samotná druhová bohatost bakteriálního společenstva byla spojena s lepším zdravotním stavem. To odpovídá tomu, že více druhů má více genů a může plnit více funkcí. Větší pestrost mikrobiálních genů je asociovaná mimo jiné s nižším výskytem obezity.

Další důležitou funkcí, kterou plní střevní mikrobiota je zrání imunitního systému. Stěny střeva představují rozhraní mezi tělem a prostředím plným mikroorganismů, z nichž některé jsou potencionálně patogenní. Imunitní systém musí být schopen rozeznat nebezpečné druhy a přiměřeně proti nim reagovat. Narušení mikrobiálního společenstva může u citlivých jedinců vyvolat autoimunitní poruchy, kdy imunitní systém přehnaně reaguje na některý ze střevních mikroorganismů. Důsledkem takové reakce pak může být i poškození střev. To je mimo jiné případ Crohnovy nemoci. Zdravá společenstva na stěnách střev, ale i jiných epitelů tvoří bariéru, která mechanicky i biochemicky brání přichycení patogenů a jejich pronikání do těla.

Jedním z cílů výzkumu střevní mikroflóry je najít jádrový mikrobiom. Skupinu mikroorganismů, které se vyskytují společně u naprosté většiny lidí nebo jen u velkých skupin populací s odlišným životním stylem, a které by se daly považovat za zdravý mikrobiom. To, že se některé druhy mikroorganismů vyskytují společně, bylo opakovaně potvrzeno. U bakteriálních společenstev byly navrženy takzvané enterotypy, společenstva definovaná společným výskytem některých skupin bakterií. Důležitou skupinou, jejíž početnost umožňuje odlišení enterotypů, je bakteriální kmen Bacteroidetes.

 

Vývoj střevního mikrobiomu

Střevní mikrobiom se obvykle vyvíjí do tří až pěti let života. Společně se střevním mikrobiomem se vyvíjí i imunitní systém a zdravý vývoj střevního mikrobiomu tak může mít výrazný vliv na zdraví. Mikrobiální společenstva jsou přítomná už v první stolici novorozenců, což ukazuje, že ani děloha není plně sterilní prostředí. Tato první společenstva se velmi rychle mění. Prvním důležitým milníkem ve vývoji mikrobiomu je typ porodu. Ve smolce převládají bakteriální skupiny Bacilli a Firmicutes. V další stolici novorozenců pak dominuje skupina Proteobacteria.  Při porodu vaginální cestou kolonizují střeva novorozence vaginální bakterie jako je Lactobacillus, Prevotella a Sneathia. Pro přenos kvasinek při vaginálním porodu z matky na dítě jsou zatím pouze nepřímé důkazy. Při porodu císařským řezem je zvýšená kolonizace mikroorganismy kůže, bakteriemi Staphylococcus, Corynebacterium a Propionibacterium. Kolonizace vaginálními mikroorganismy při vaginálním porodu je přirozenou částí vývoje mikroorganismu a takto narozené děti jsou zdravější. Děti narozené císařským řezem mají vyšší například o 20% vyšší riziko astmatu a vyšší riziko cukrovky.

Dalším krokem přirozeného vývoje střevní mikrobioty je kolonizace střev mikroorganismy z mateřského mléka. To, že kojené děti jsou zdravější než nekojené, bylo dokázáno opakovaně. Kojené děti mají pestřejší a zdravější střevní mikrobiom. Dalším důležitým zdrojem mikroorganismů kolonizujících novorozence je kůže matky a ostatních lidí, se kterými přichází do kontaktu. Novorozenec je také kolonizován mikroorganismy z okolního prostředí.

Zásadním faktorem u vyvíjejícího se mikrobiálního společenstva je podávání antibiotik. Nespecifická antibiotika mohou u malých dětí způsobit narušení přirozené kolonizace střev až po dobu dvou měsíců. Antibiotika narušují střevní mikrobiotu i u dospělých lidí s již plně vyvinutým mikrobiálním společenstvím. Na rozdíl od dětí dochází u dospělých vlivem antibiotik k méně výraznému ochuzení mikrobioty. Roli hraje i druh, koncentrace a doba užívání antibiotika.

Dalším mezníkem vývoje střevní mikrobioty je přechod na pevnou stravu. Studie ukázaly, že podle mikrobiomu lze odlišit skupiny lidí z různým životním stylem a dietou. Například lze odlišit mikrobiom děti z vyspělých západních zemí a z chudých zemědělských komunit. Jedním takovým příkladem jsou děti vesničanů z Burkyna Faso a děti z Itálie. Strava afrických dětí byla téměř výhradně vegetariánská a ve střevech měly více druhů bakterií a zvýšené počty bakterií ze skupiny Bacteroidetes. Jejich mikroflóra byla lépe uzpůsobena trávení vlákniny a rostlinných polysacharidů. Italské děti jedly převážně takzvanou západní stravu s vysokým obsahem tuků, živočišných proteinů a cukrů. Italské děti měly nižší počty bakterií Bacteroidetes a vyšší počty bakterií ze skupiny Firmicutes. Obdobné výsledky mělo srovnání mikroflóry rodin v USA a v Malawi. Vyšší početnosti Firmicutes a nižší Bacteroidetes byly ve více studiích asociovány s obezitou.

Ještě u adolescentů se liší složení početnosti některých bakteriálních skupin od dospělých lidí. Adolescenti mají oproti dospělým vyšší početnosti bifidobakterií a bakterií rodu Clostridium.

V dospělém věku je mikrobiom vysoce stabilní. Další přirozená změna střevního mikrobiomu nastává až ve velmi vysokém věku. U lidí starších 100 let se zvyšují počty fakultativně anaerobních druhů a specifickým druhem bakterie vysokého věku je Eubacterium limosum.

Některé skupiny mikroorganismů se liší i mezi pohlavími. Tento rozdíl je vysvětlován rozdílným působením sexuálních hormonů v průběhu života. Muži mají ve střevech vyšší početnosti bakterií Prevotella a Bacteroidetes.

 

Vliv genetických faktorů na vývoj mikrobiomu

Členové rodiny mají vyšší podobnost mikrobiomu než nepříbuzní lidé. Zčásti může jít o důsledek sdílených stravovacích návyků a života ve stejném prostoru. Studie, ale ukázaly, že mikrobiom dětí je podobnější mikrobiomu rodičů než je si podobný mikrobiom rodičů, kteří žijí dlouhodobě ve stejné domácnosti. Vliv genetických faktorů potvrzují i studie na skupinách jednovaječných a dvojvaječných dvojčat. Jedovaječná dvojčata mají podobnější mikrobiom. Vliv genetických faktorů na celkové uspořádání mikroflóry existuje, ale jde o velmi komplexní vztah s mnoha geny s různými efekty. O něco jasnější je situace u některých nemocí, pro které jsou do určité míry známy jak genetické predispozice, tak charakteristické složení mikrobiomu. Jsou například známy houbové organismy a bakteriální skupiny, které jsou přímo specifické pro Crohnovu nemoc a Ulcerózní kolitidu. Zároveň jsou známé lidské genetické faktory asociované s těmito nemocemi.

 

Vliv vývoje střevního mikrobiomu na lidské zdraví

Vývoj mikrobiomu v dětství má celoživotní vliv na zdraví jedince. V bohatých společnostech dochází v posledních letech k výraznému nárůstu metabolických a imunitních chorob u dětí. Někdy je to dáváno do souvislosti se zvýšenou mírou porodů císařským řezem. Při porodu císařským řezem nemůže dojít ke kolonizaci střev dítěte vaginální a střevní mikrobiotou matky a takové děti mají chudší společenstva střevních mikroorganismů. Porod císařským řezem je asociován s o 20%  větší šancí na vývoj astmatu a vyšším rizikem rozvoje diabetu prvního typu u dětí porozených císařským řezem. Císařský řez je také dáván do souvislosti s vyšší šancí rozvoje celiakie.

Zdravotní potíže způsobené nedostatečně vyvinutým mikrobiomem souvisí s hygienickou teorií. Podle této hypotézy je zvýšený výskyt autoimunitních chorob a alergií způsoben nedostatečnou expozicí infekčním činitelům a symbiotických organismům v raném dětství. Dětství strávené v “nepřirozeně” čistém prostředí brání přirozenému vývoji mikrobiomu a imunitního systému. Děti, které vyrůstaly na farmách, mají méně alergií a méně často trpí astmatem.

Ukázalo se, že na základě složení vzorků stolice lze predikovat rozvoj obezity. Rozdíly ve složení společenstev stolice jeden rok starých dětí korelovaly s obezitou těchto dětí ve věku sedmi let. Děti, které měly v jednom roce ve svém střevním mikrobiomu větší zastoupení Stapphylococcus aureus a menší početnosti bifidobakterií měly v sedmi letech nadváhu nebo byly obézní. Jak je napsáno výše, vyšší počet bifidobakterií je asociován s kojením a vyšší počet Staphlyococcus s porodem císařským řezem.

N ové studie ukazují vztah mezi střevními mikroorganismy a psychickými stavy. Tyto typy studií jsou teprve na počátku, zatím byl například zjištěn vztah mezi střevní mikrobiotou a některými formami deprese a pocitu zoufalství. Přesný mechanismus, jakým působí mikroorganismy na mentální stav svého hostitele, zatím není znám.

 

Střevní mikrobiom mimo tlusté střevo

Je třeba doplnit, že naprostá většina dosud citovaných studií o střevním mikrobiomu vycházela z analýzy stolice, která odráží spíše společenstvo tlustého střeva. Studiem společenstva tenkého střeva se zabývá jen malý počet studií. Tyto studie odhalily proměnlivost bakteriálního společenstva tenkého střeva v různých částech dne. Složení mikrobiomu ráno se liší od složení mikrobiomu odpoledne, což souvisí s příjmem potravy. Ukázalo se například, že společenstvo tenkého střeva má vyšší abundanci bakterií z řádu Lactobacillales a Clostridiales v porovnání s fekálními vzorky.

Kromě toho, že se společenstva mikroorganismů liší mezi jednotlivými úseky trávicí soustavy, lze pozorovat i další členění komunit na menší prostorové škále podle typu tkáně apod. Při pitvách myších střev byly například odhaleny skupiny bakterií převažující na sliznici záhybů střev.

Příkladem dalšího unikátního společenstva mimo tlusté střevo je mikroflóra žaludku. Mikroflóra žaludku hraje klíčovou roli při rozvoji žaludečních vředů a rakoviny žaludku. Pro rozvoj obou těchto poruch je nezbytná infekce žaludeční stěny bakterií Helicobacter pylori v kombinaci s dalšími mikroorganismy, genetickou predispozicí a faktory prostředí.

Transplantace střevního mikrobiomu

Transplantace střevního mikrobiomu je léčebný postup, který vychází z myšlenky obnovení zdravé mikroflóry u nemocného transplantací fekální hmoty zdravého dárce. Nejde o nový objev. Fekální transplantace byť v odlišné formě než v současnosti se používala už ve čtvrtém století v Číně. V současnosti se fekální transplantace smí používat pro léčbu vracejících se infekcí Clostridium difficile. V případě, že jde o kmeny rezistentní na antibiotika. Clostridium difficile je původcem střevních infekcí, které mohou být v rozsahu lehkého až život ohrožujícího průjmu. Kmeny rezistentní na antibiotika jsou hlavně běžné v nemocnicích. Infekcemi často trpí oslabení pacienti, u kterých jde o život ohrožující stav.

Vlastní proces spočívá v odběru 30 g stolice zdravého dárce, kterým je často příbuzný nemocného. Stolice se homogenizuje v trojnásobném objemu slabého roztoku soli a přefiltruje se, aby se odstranily větší částice. Homogenizovaná kapalina se pak pacientovi podává sondou přes ústa nebo nos přímo do střev. Alternativně lze transplantát podat formou klystýru.

Transplantace stolice je do budoucna zvažována jako léčba i u jiných typů střevních potíží, ale i při řešení různých metabolických poruch. Pro tyto postupy ale zatím neexistuje jasná legislativa. Nicméně se ukázalo, že mikrobiální společenstva se dají ve formě vzorku stolice rozpuštěného v roztoku soli a glycerolu dlouhodobě zmrazit aniž by to zásadně změnilo jejich složení. Zmražené fekální transplantáty byly úspěšně použity pro léčbu clostridiových infekcí. Nově tak vznikají banky stolic, které mohou ukládat stolici zdravých mladých lidí, jakožto univerzálních dárců. Alternativně může být ukládána stolice pacientů, které čeká nějaká náročná terapie, která může mikrobiom narušit. Pacient si pak může nechat po skončení terapie nechat mikrobiom obnovit vlastním uloženým vzorkem.

 

Seznam citované literatury:

Altschul S. F., Madden T. L., Schaffer A. A., et al. (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search program. Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402.

Agans R., Rigsbee L., Kenche H., Michail S., Khamis H. J., Paliy O., (2015). Distal gut microbiota of adolescent children is different from that of adults. FEMS Microbiol Ecol 77(2): 404-41

Alang N., Kelly C. R. (2014). Weight gain after fecal microbiota transplantion. Open forum infectious Diseases 2(1): ofv004.

Arumugan M., Raes J., Pelletier E., et al. (2011). Enterotypes of the human gut microbiome. Nature 473: 174-180.

Alberti K. G., Eckel R. H., Grundy S. M., Zimmet P. Z., Cleeman J. I., Donato K. A., Fruchart J. C., James W. P., Loria C. M., Smith S. C. Jr. (2009) Harmonizing the metabolic syndrome: a joint interim statement of the International Diabetes Federation Task Force on Epidemiology and Prevention; National Heart, Lung, and Blood Institute; American Heart Association; World Heart Federation; International Atherosclerosis Society; and International Association for the Study of Obesity. Circulation 120: 1640–1645.

Backhed F., Ding H., Wang T., Hooper L. V., Koh G. Y., Nagy A. (2004). The gut microbiota as an environemantal factor that regulates fat storage. PNAS 101(44): pnas.0407076101.

Biagi E., Nylund L., Candela M., Ostan R., Bucci L., Pini E., Nikkila J., Monti D., Satokari R., Franceschi C., Brigidi P., De Vos W. (2010)- Trough ageing, and beyond: Gut microbiota and inflammatory status in seniors and centenarians. PLoS ONE 5(5): e10667.

Booijink C. C. G., El-Aidy S., Rajilić-Stojanović M., Heiling H. G. H. J., Troost F. J., Smidt H., Kleerebzem M., De Vos W. M., Zoetendal E. G. (2010). Hightemporal and inter-individual variationdetected in the huma ileal microbiota. Environmental Microbiology 12(12): 3213-3227.

Cardwell CR, Stene LC, Joner G, Cinek O, Svensson J, Goldacre MJ, Parslow RC, Pozzilli P, Brigis G, Stoyanov D, et al. (2008). Caesarean section is associated with an increased risk of childhood-onset type 1 diabetes mellitus: a meta-analysis of observational studies. Diabetologia 51:726–35.

Le Chatelier E., Nielsen T., Qin J., et al. (2013). Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers. Nature 500(7464): 541-6.

Claesson MJ, Jeffery IB, Conde S, Power SE, O’Connor EM, Cusack S, et al. (2012). Gut microbiota composition correlates with diet and health in the elderly. Nature 488: 17884.

De La Cochetière, M. F., Durand, T., Lepage, P., Bourreille, A., Galmiche, J. P., Doré, J. (2005). Resilience of the Dominant Human Fecal Microbiota upon Short-Course Antibiotic Challenge. Journal of Clinical Microbiology, 43(11), 5588–5592. http://doi.org/10.1128/JCM.43.11.5588-5592.2005

Cole J. R., Wang Q., Fish J. A., et al. (2014). Ribosomal Database Project: data nad tools for high troughput rRNA analysis. Nucl. Acids Res. 42 (database issue): D633-D642.

Decker E, Engelmann G, Findeisen A, Gerner P, Laass M, Ney D, et al. (2010). Cesarean delivery is associated with celiac disease but not inflammatory bowel disease in children. Pediatrics 125: e143340.

Dethlefsen L., Huse S., Sogin M. L., Relmn D. A. (2008). The pervasive effects of an antibiotic on the human gut microbiota, as revealed by deep 16S rRNA sequencing. PLoS Biology 6(11): e280.

De Filipo C., Cavalieri D., Di Paola M., Ramazzotti M., Poulette J. B., Massart S., Collini S., Pieraccini G., Lionetti P. (2010). Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. PNAS 107 (33): 14691-14696.

Dominguez-Bello M. G., Costello E. K., Contreras M. et al. (2010). Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns. PNAS 29 (17): 11971-11975.

Drago L., Toscano M., Rodighiero V., de Vecchi E., Mogna G. (2012). Cultivable and pyrsequenced fecal mikroflóra in centenarians and young subjects. Journal of clinical gastroenterology 46: supp. 1.

Eisman B., Silen W., Bascom G., Kauvar A. (1958). Fecal enema as an adjunct in the treatment of pseudomembranous enterocolitis. Surgery 44: 854–859.

Faith J. J., Guruge J. L., Charbonneau M., Subramanian S., Seedorf H., Andrew L. et al. (2013). The long-term stability of the human gut microbiota. Science 341(6141): 1237439.

Fernández L., Langa S., Martín V., et al. (2013). The human milk microbiota: origin and potential roles in health and disease. Pharmacological research 69: 1-10.

Fouhy F., Guinane C. M., Hussey S. (2012). High.Thriughput sequencing reveals the incomplete, short-term recovery of infant gut microbiota following parental antibiotic treatment. Antimicrobial agents and chemotherapy 56(11): 5811-5820.

Godon J-J., Zumstein E., Dabert P., et al. (1997). Molecular microbial diversity of an anaerobic digestor as determined by small-subunit rDNA sequence analysis. Applied and environmental mikrobiology 63(7): 2802-2813.

Gupta S., Allen-Vercoe E., Petrof E. (2016). Fecal microbiota transplantation: In perspective. Antimicrobial agents and chemotherapy 56(11): 5811-5820.

Hoarau G., Mukherjee P. K., Gower-Rousseau C., Hager C., ChandraJ., Retuerto M. A.,Neut C., Vermeire S., Clemente J., Colombel J. F., Fujioka H., Poulain D., Sendid B., Ghannoum M. A. (2016). Bacteriome and Mycobiome interactions underscore microbial dysbiosis in familial Crohn´s disease. American society for microbiology 7(5): e01250-16.

Hollister E. B., Gao Ch., Versalovic J. (2014). Compositional features of the gastrointestinal microbiome and their effects on human heath. Gastroenterology 146(6): 1449-1458.

Kalliomaki M., Collado M. C., Salminen S., Isolauri E. (2008). Early differences in fecal microbiota composition inchildren may predict overweight. Am J Clin Nutr 87: 534-8.

Kelly C., Kahn S., Kashyap P., Laine L., Rubin D., Atreja A. et al. (2015) Update on fecal microbiota transplantation 2015: indications, methodologies, mechanisms, and outlook. Gastroenterology 149: 223–227.

Khoruts A., Dicksved J., Jansson J. K., Sadowsky M. J. (2010). Changes in compostion of the human fecal microbiome after bacteriotherapy for recurrent Clostridium difficiel-associated diarrhea. J Clin Gastroenterol 44: 354-60.

Kovacs A., Ben-Jacob N., Tayem H., Halperin E., Iraqi F. A., Gophna U. (2010). Genotype is a stronger determinant than sex of the mouse gut microbiota. Microb Ecol 61: 4238.

Koren O., Knights D., Gonzalez A. (2013). A guide to enterotypes across the human body: Meta-Analysis of microbial community structures in Human microbiome datasets. PLoS Comput Biol l9(1): e1002863.doi:10.1371/journal.pcbi.1002863

Kristensen N. B., Bryrup T., Allin K. H., Nielsen T., Hansen T. H., Pedersen O. (2016). Alterations in fecal microbiota composition by probiotic supplementation in healthy adults: a systematic review of randomized controlled trials. Genome medicine 8(1):52.

Kuijper E. J., Coignard B.,Tull P. (2006). Emergence of Clostridium difficile-associated disease in North America and Europe. Clinical Microbiology and Infection 12: supplement 6.

Ley R. E., Turnbaugh P. J., Klein S., Gordon J. I. (2006). Microbial ecology: Human gut microbes associated with obesity. Nature 444:1022–1023.

Li M., Wang B., Zhang M., et al. (2008). Symbiotic gut microbes modulate human metabolic phenotypes. Proceedings of national academy of science of the United States of America 105 (6): 2117-2122.

Marotz C. A., Zarrinpar A. (2016). Treating obesity and metabolic syndrome with fecal microbiota transplantation. Yale jouranl of biology and medicine 89: 383-388.

Moles L., Gómez M., Heilig H., et al. (2013) Bacterial Diversity in Meconium of Preterm Neonates and Evolution of Their Fecal Microbiota during the First Month of Life. PLoS ONE 8(6): e66986. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066986

Mueller S., Saunier K., Hanisch C., et al. (2006). Differences in fecal microbiota in different european study populations in relation to age, gender, and country: a Cross-sectional study. Applied and environmental mikrobiology 72(2): 1027-1033.

von Mutius E., Vercelli D. (2010). Farm living: effects on childhood asthma and allergy. Nat Rev Immunol 10:861-868.

Nava G. M., Friedrichsen H. J., Stappenbeck T. S. (2011). Spatial organization of intestinal microbiota in mouse ascending colon. ISME J. 5(4): 627-638.

van Nood E., Vrieze A., Nieuwdorp M., Fuentes S., Zoetendal E. G., de Vos W. M., et al. (2013). Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile. The New England Journal of Medicine 368(5):407-15.

Pascal V., PozueloM., Borruel N., Casellas F., Campos D., Santiago A., Martinez X., Varela E., Sarrabayrouse G., Machiels K., Vermeire S., Sokol H., Guarner F., Manichanh C. (2016). A microbial signature for Crohn´s disease  Inflammatory bowel disease 313235.

Qin J., Li R., Raes J. et al. (2010). A human gut micrrobial gene catalog established by metagenomic sequencing. Nature 464(7285): 59-65.

Roager H. M., Licht T. R., Poulsen S. K., et al. (2014). Microbial enterotypes, inferred by the Prevotella-to-Bacteroides ratio remained stable during a 6-month randomized controlled diet. Applied and environmental mikrobiology 80(3): 1142-1149.

Rodríguez J. M., Murphy K., Stanton C., Ross R. P., Kober O. I., Juge N., Avershina E., Rudl K., Narbad A., Jenmalm M. C., Marchesi J. R., Collado M. C. (2015). The composition of the gut microbiota trouhgout life,with emphasis on early life. Microbial ecology in health and disease 26: 26050.

Ruggieri A., Anticoli S., D´Ambrosio A. et al. (2016). The influence of sex and gender on immunity, infection and vaccination. Ann Ist Super Sanita 52(2): 198-204.

Seekatz A. M., Aas J., Gessert C. E., et al. (2014). Recovery of the gut microbiome following fecal microbiota transplantation. mBio 5(3): e00893-14.

Schloss P. D., Handelsman J. (2008). A statistical toolbox for metagenomics: assessing functional diversity in microbial communities. BMC Bioinfomatics 9: 34-49.

Smits L. P., Bouter K. E. C., De Vos W., Borody T. J., Nieuwdorp M. (2013). Therapeutical potential of fecal microbiota transplantation. Gastroenterlogy 145(5): 946-53.

Stewart J. A., Chadwick V. S., Murray A. (2005). Investigations into the influence of host genetics on the predominant eubacteria in the faecal microflora of children. J Med Microbiol 54: 123942.

Strachan D. P. (1989). Hay fever, hygiene and household size. BMJ 299: 1259–60.

Thavagnanam S., Fleming J., Bromley A., Shields M. D., Cardwell C. R. (2008). A meta-analysis of the association between caesarean section and childhood asthma. Clin Exp Allergy 38: 62933.

Turnbaugh P. J., Hamady M., Yatsunenko T., Cantarel B. L., Duncan A., Ley R. E., et al. (2009). A core gut microbiome in obese and lean twins. Nature 457: 4804.

Turnbaugh P., J., Ley R. E., Hamady M., Fraise-Liggett C. M., Kniht R., Gordon J. I. (2007). The human Microbiome project. Nature 449(18): 804-810.

Urich T., Lanzén A., Qi J., Huson D. H., et al. (2008). Simultaneous assessment of soil microbial community structure and function through analysis of the meta-transcriptome. PLoS ONE 3(6): e2527.

Vrieze A., Van Nood E., Holleman F. et al. (2014). Transfer of intestinal microbiota from lean donors increases insulin sensitivity in individuals with metabolic syndrome. Gastroenterology 143: 913-916.

Wu G. D., Chen J., Hoffmann C., et al. (2011). Linking long-term dieatary patterns with gut microbial enterotypes. Science 334 (6052): 105-108.

Yatsunenko T., Rey F. E., Manary M. J., Trehan I, Dominguez-Bello M. G., Contreras M. et al. (2012). Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature 2012; 486: 2227.

Zhang F., Luo W., Shi Y. et al. (2012). Should we standardize the 1,700-years-old fecal microbiota transplantation. The american journal of gastroenterology doi:10.1038/ajg.2012.251.

Zoetendal E. G., Akkermans A. D. L., Akkermans-van Vliet W. M., de Visser J. A. G. M., de Vos W. M. (2001). The host genotype affects the bacterial community in the human gastrointestinal tract. Microb Ecol Health Dis 13: 12913.