Recepce
pondělí–pátek
7:30–17:00 hodin
Ordinační hodiny
pondělí–pátek
7:30–18:00 hodin
Příjem vzorků
pondělí–čtvrtek
8:00–12:00 hodin
Symbiotické mikroorganismy se řadou způsobů podílí společně s lidským imunitním systémem na boji proti patogenům. Bakterie osidlující naše tělo například pomáhají zaměřit imunitní systém proti patogenům a jejich „povlaky“ mohou bránit patogenům v přisednutí na stěnu střev.
Porozumění infekčním chorobám se mění s odhalováním nových vztahů mezi stálou mikrobiotou, imunitním systémem a patogeny. Většina nových informací o lidské mikrobiotě pochází ze sekvenačních studií, jejichž výstupem jsou velké soubory genetických dat. Proto se mluví o mikrobiomu, jako o souboru genetických informací celého studovaného společenstva mikroorganismů. Lidský mikrobiom zahrnuje miliardy bakterií, archeí (skupina mikroorganismů příbuzná bakteriím), hub, virů a eukaryotních organismů. Nejbohatší a nejpestřejší lidský mikrobiom se nalézá ve střevech.
Střevní mikrobiom je někdy označován jako samostatný lidský orgán. Toto komplexní společenstvo má vliv na formování imunitního systému, je zásadní pro energetický metabolismus a upravuje žlučový a lipidový metabolismus, endokrinní regulaci a neurologickou signalizaci, metabolismus léků a řadu dalších pochodů v lidském těle.
Mikrobiom se podílí na prevenci infekčních onemocnění už od narození. Mikrobiální kolonizace začíná už v děloze a je částečně předvídatelná. Utváření mikrobiomu je ovlivněno typem porodu, kojením, podáváním antibiotik, genetikou, geografií a skladbou stravy. Narušení vývoje mikrobiomu zvyšuje např. riziko vzniku nekrotizující enterokolitidy u novorozenců, u které je pozorováno zvýšené množství proteobakterií ve střevním mikrobiomu. Kmen proteobakterie zahrnuje mnoho patogenních druhů bakterií, jež mohou způsobovat i další onemocnění trávicího traktu.
Klíčovým pojmem ve vztahu střevního mikrobiomu a infekcí je kolonizační rezistence. Jde o jev, kdy se ve zdravém mikrobiomu nemohou přemnožit přítomné potenciální patogenní druhy a ani se v něm nemohou uchytit patogeny z vnějšího zdroje. Přirozená mikrobiota těla může zabíjet nebo potlačovat patogeny pomocí svých vedlejších metabolických produktů nebo může omezovat růst patogenů tím, že s nimi soupeří o prostor a živiny. Mikrobiota může také nastavovat imunitní odpověď hostitele proti patogenům a stimulovat produkci hlenu střevním epitelem. Hlen tvoří ochrannou vrstvu na vnitřní stěně střev. Narušení mikrobioty vzniká nejčastěji po léčbě antibiotiky a je nejčastější příčinou infekce.
Nejznámějším případem, kdy narušení mikrobiálního společenstva střev antibiotiky vede k infekci, je infekce bakterií Clostridium difficile. V případě infekce rezistentními kmeny, odolnými na antibiotika se tato infekce léčí pomocí fekální transplantace. Fekální hmota zdravého dárce je homogenizována, zbavena pevných částic a nejčastěji převedena pomocí sondy do střev pacienta. Fekální transplantace pomáhá obnovit přirozenou rovnováhu střevního mikrobiomu. Běžnější možnost, jak upravit střevní mikrobiom, představuje užívání probiotik a prebiotik. Probiotika lze užívat jako doplněk stravy nebo jako potraviny obsahující živé kultury (fermentované potraviny). Prebiotika jsou běžně konzumována na každodenní bázi, slouží jako potrava pro prospěšné bakterie a lze k nim zařadit i různé druhy rozpustné i nerozpustné vlákniny.
Studie na laboratorních hlodavcích ukázaly propojení některých virových infekcí a mikrobiomu. Studovány byly například virus dětské obrny, norovirus (původce akutní gastroenteritidy, která se projevuje hlavně průjmem) a rotavirus (původce akutního průjmového onemocnění). U těchto virů bylo prokázáno, že k úspěšné infekci musí interagovat s bakteriální mikrobiotou. Virus dětské obrny a rotavirus měly výrazně sníženou replikaci u myší, které byly léčeny antibiotiky. Antibiotika snižují početnosti bakterií a narušují bakteriální společenstva. Přesný mechanismus interakcí virů a bakterií není znám, ale do budoucna by tento typ výzkumu mohl vést k odhalení klíčových bakteriálních druhů a podpořit léčbu virových onemocnění selektivními antibiotiky, proti bakteriím, které pomáhají usnadňovat virové infekce. Dále bylo zjištěno, že podávání některých bakteriálních proteinů pomáhá regulovat a zesílit imunitní odpověď proti virovým infekcím.
Pacienti trpící rakovinou mají pozměněné složení střevního mikrobiomu. V některých případech není jasné, zda jde o příčinu rozvoje rakoviny nebo důsledek léčby. Chemoterapie a ozařování při léčbě rakoviny často vedou k narušení rovnováhy mikrobiálních společenstev, což může zvýšit riziko infekcí. Kromě toho jsou ale popsány i případy, kdy je infekce specifickým patogenem nebo osídlení určitým společenstvem nezbytným předpokladem pro rozvoj rakoviny. Bakterie mohou produkovat reaktivní formy kyslíku nebo toxiny, které vyvolávají mutace v lidských buňkách, jež mohou způsobit rakovinné bujení. Jedním z nezbytných předpokladů pro rozvoj rakoviny žaludku je například infekce specifickým kmenem bakterie Helicobacter pylori. Se vznikem rakoviny tlustého střeva jsou spojovány bakterie Bacteroides fragilis, Enterococcus faecalis, Clostridium septicum, Fusobacterium sp., a patogenní kmeny Escherichia coli.
Helicobacter pylori je gramnegativní, mikroaerofilní bakterie, která žije v epiteliální výstelce žaludku. Tato bakterie byla poprvé izolována ze vzorků žaludečních biopsií v roce 1983. Infekce touto bakterií je u většiny pacientů spojována s gastritidou, u části infikovaných s rozvojem žaludečních vředů a atrofickou gastritidou a u menšiny pacientů s rakovinou žaludku. Infekce H. pylori je také asociována s poruchami mimo žaludek, s idiopatickou trombocytopenickou purpurou a deficitem vitamínu B12. Jsou zkoumány i asociace s dalšími poruchami a nemocemi.
Infekce Helicobacter pylori je nezbytná pro rozvoj rakoviny žaludku, ale vliv mají další environmentální a genetické rizikové faktory, samotná infekce není pro rozvoj onemocnění dostačující. Rakovina žaludku je pátá nejčastější rakovina a má nejvyšší míru mortality. H. pylori podporuje rozvoj rakoviny přímo (tím, že bakteriální toxiny způsobují mutace v buňkách žaludeční sliznice) a nepřímo (tím, že regenerace zánětu vede k rychlejšímu obnovování buněk, což také zvyšuje riziko mutací). Vliv dalších faktorů podtrhuje i skutečnost, že prevalence infekce H. pylori neodpovídá svým geografickým rozložením prevalenci rakoviny žaludku.
Helicobacter pylori infikuje v současnosti více jak polovinu světové populace a jde tak o celosvětově nejčastější bakteriální infekci. Existují rozdíly ve výskytu infekce mezi různými státy a oblastmi i skupinami obyvatelstva. Vyšší výskyt je v rozvojových státech a u skupin populace, které mají horší hygienu, naopak klesá v západní Evropě, Spojených státech a Japonsku. Nejvyšší výskyt infekce (87,7 %) je v Nigérii a nejnižší (18,9 %) ve Švýcarsku. V České republice byl pozorován pokles výskytu infekce, ale přesto nyní dosahuje 41,2 %.
Většina infikovaných jedinců nemá žádné symptomy. Pokud se symptomy objeví, mohou zahrnovat: bolest břicha, bolest břicha na lačno, nevolnost, ztrátu chuti k jídlu, časté říhání, nadýmání, ztrátu hmotnosti.
Infekce Helicobacter pylori je diagnostikována několika způsoby. Pomocí endoskopie se získají vzorky žaludeční sliznice, které se histologicky vyšetří, někdy v kombinaci se speciálním fluorescenčním značením (metoda FISH = fluorescence in situ hybridization).
Další možnost je použití bioptických vzorků pro pěstování bakteriálních kultur. Tato metoda se obvykle používá, pokud je potřeba zjistit rezistenci na antibiotika.
Další test využívá schopnosti H. pylori štěpit močovinu. Vzorek stolice je položen do média s močovinou, a pokud jsou bakterie přítomny, tak se začne zvyšovat pH vzorku (H. pylori štěpí močovinu na CO2 a NH3). Schopnost H. pylori štěpit močovinu využívá i dechový test, při němž se pacientovi podává močovina s izotopově značeným uhlíkem. Pokud je močovina štěpena bakterií, přejde oxid uhličitý se značeným uhlíkem do krve a z krve do plic a pak je měřitelný v dechu.
Ze vzorku sliznice lze také izolovat DNA a provést PCR se specifickými primery. PCR umožní i rozlišení některých genotypů H. pylori, čímž lze zjistit zda jde o rezistentní kmeny. Nevýhodou PCR je, že detekuje DNA i z mrtvých bakteriálních buněk, takže nelze použít pro potvrzení úspěšné léčby.
Obdobný problém mají i sérologické testy, jelikož protilátky zůstávají v krvi i po vyléčení infekce. Další možnost je zjišťování protilátek ze stolice.
Standardní léčba je trojitá terapie s inhibitory protonových pump v kombinaci s clarithromycinem a amoxicilinem nebo metronidazolem. U H. pylori se ale šíří rezistence proti nejčastěji používaným antibiotikům. Proto nové terapie zahrnují nová antibiotika, nové kombinace starých antibiotik nebo kombinují antibiotika s jinými antimikrobiálními látkami a probiotiky.
Chronická infekce H. pylori způsobuje sníženou produkci žaludeční kyseliny, což vede ke změně pH žaludku a změně mikrobiomu. Předpokládá se, že změna mikrobiomu se může podílet na vzniku rakoviny žaludku například tak, že nové druhy podporují vznik a rozrůstání zánětu ve stěně žaludku. Studie několika desítek portugalských pacientů rozdělených do skupin trpících rakovinou žaludku nebo chronickou gastritidou ukázala, že obě skupiny lze odlišit podle míry narušení žaludečního mikrobiomu.
S různými genotypy H. pylori jsou spojovány různé klinické stavy. Klíčové jsou většinou geny kódující bakteriální toxiny.
CagPAI (Cag ostrov patogenicity) zahrnuje několik genů. Gen CagA je spojován s gastritidou, CagE, CagT a CagM jsou spojovány se žaludečními vředy.
Další gen, ovlivňující míru patogenity, je gen vacA, který kóduje vakuolující cytotoxin. U tohoto genu jsou tři důležité regiony, z nichž každý má dvě formy: signal (s1/s2), intermediate (il/il2), medium (m1/m2). Genotyp s1/m1 je spojen s vyšším rizikem rakoviny žaludku. Tento genotyp je vždy spojen s varianou il = s1/m1/il a proto il není v tomto případě třeba testovat. Genotyp s2 je spojen s menší toxicitou a menším rizikem vředů a rakoviny bez ohledu na variantu m1/m2. Kombinace genotypu s1/m1 a genu cagA zvyšuje riziko rakoviny žaludku.
S rizikem rakoviny jsou dále spojeny geny jhp0940 a jhp0947, s vředy v dvanáctníku je asociován gen jhp0949.
Dalším genem, který je někdy asociován s patogenicitou H. pylori je gen iceA. Varianta iceA1 je asociována s vyšším rizikem žaludečních vředů oproti variantě iceA2, gen iceA nevykazuje spojitost s rakovinou žaludku.
Z lidských genů jsou s vyšším rizikem rozvoje rakoviny žaludku spojovány některé alely genů z IL-1 genového klastru, které kódují prozánětlivé cytokiny. Nejdůležitější je gen IL-1B.
Yersinia je rod gramnegativních bakterií z čeledi Enterobacteriace. Do tohoto rodu spadá 11 druhů. Tři druhy jsou pro člověka patogenní a jedná se o zoonotické infekce přenášené na lidi z domestikovaných a divokých zvířat. Lidé jsou jen náhodní hostitelé a nejsou součástí přirozeného hostitelského cyklu těchto bakterií, přesto je yersinióza třetí nejčastější bakteriální zoonóza v Evropské unii. Patogenní druhy jsou Y. enterocolitica, Y. pseudotuberculosis a Y. pestis. První dva druhy jsou u lidí původcem průjmového onemocnění yersiniózy (přičemž častější je Y. enterocolitica), třetí druh, Y. pestis, je původcem moru.
Symptomy yersiniózy jsou podobné bez ohledu na původce. Nejčastěji je spojována s enterokolitidou, akutním průjmem, terminální ileitidou, mezenteriální lymfadenitidou a pseudo apendicitidou a pokud se dostane do krve, může způsobit fatální sepsi. Infekce vyvolané Y. pseudotuberculosis se vyskytují častěji u dospělých a projevy bývají spíše bolesti břicha než průjmy.
Symptomy infekce Y. enterocolitica se obvykle projeví po 5 dnech (1–11 dní) od nakažení. Symptomy zahrnují: průjem (v některých případech krvavý), mírnou horečku, bolest břicha (někdy lokalizovaná v pravé dolní čtvrtině břicha), zvracení (přítomno přibližně v 15-40%). U starších dětí a mladých dospělých je bolest břicha někdy zaměňována s apendicitidou. U některých pacientů se navíc mohou vyvinout červené nebo fialové léze na nohou a trupu (tzv. erythema nodosum). Léze se obvykle objeví po 2 až 20 dnech po nástupu horečky a většinou samovolně zmizí během jednoho měsíce. Mezi další následky patří reaktivní artritida, což je zánět výstelky kloubů, který se může rozvinout po bakteriální infekci ve střevech nebo urogenitální soustavě. Častěji se vyskytuje v kloubech dolních končetin. Reaktivní artritida je asi pětkrát častější u HLA-B27 pozitivních pacientů.
Významným rizikovým faktorem je syrové nebo nedostatečně tepelně upravené vepřové maso a produkty z vepřového masa. Prasata jsou hlavní rezervoár kmenů Y. enterocolitica schopných napadat lidi. Dalším zdrojem infekce je například neupravená voda a odpadní vody, kontakt s domácími mazlíčky a používání dudlíků u dětí. Méně časté patogenní kmeny mohou kontaminovat i další druhy tepelně nedostatečně upraveného masa nebo nemyté zeleniny či ovoce. Významným faktorem pro infekci je skutečnost, že Y. enterocolitica může přežívat a množit se i při „chladničkových“ teplotách.
Různé kmeny Y. enterocolitica jsou různě patogenní. Virulentní geny Y. enterocolitica se nachází v bakteriálním chromozomu i plazmidech. Pro odlišení patogenních skupin se zavedlo členění na šest biotypů a 60 sérotypů, z čehož 11 sérotypů je asociováno s infekcí u lidí. Biotyp 1A je považován za neviruletní.
Infekce u lidí jsou nejčastěji asociovány se sérotypy O:3, O:9, O:5,27; méně často O:8. Potenciální patogenita vzorku Y. enterocolitica by měla být vyhodnocena podle kombinace biotypu a sérotypu. Nejčastějším patogenním biosérotypem v Evropské unii je 4/O:3. Méně často pak 2/O:9 nebo 2/O:5,27.
Infekce Y. enterocolitica se zjišťuje pomocí různých testů, například pomocí kultury ze stolice. Kultivace ale trvá až dva týdny. Další možností jsou testy protilátek metodou ELISA nebo radioimunologickým stanovením. Diagnostiku lze rozšířit o zobrazovací metody, jako je ultrazvuk, CT nebo kolonoskopie. V případě podezření na asociaci s artritidou se odebírá kloubní tekutina.
Detekci Y. enterocolitica lze provést i pomocí testu PCR na specifické markery, které jsou pro patogenní kmeny Y. enterocolitica známy. Jedním takovým specifickým genem je například ystA.
Ve většině případů infekce sama odezní a léčba je tak pouze podpůrná a spočívá v dietních opatřeních a hydrataci. Mezi léky používané proti Y. enterocolitica patří antibiotika cefalosporiny, trimethoprim a sulfamethoxazol, tetracykliny, fluorochinolony (jen u dospělých) a aminoglykosidy.
